В каком формате сохранить файл index?

Файл формата .html сможет прочесть только языки: html, css и js. 

Файл формата .php читает: html, css, js и php. Соответственно php это более универсальный формат для файла index. 

Так что если вы используете язык программирования php, то файл index сохраняйте в формате php.